休会中のメンバーでもコンディション登録があればデータ出力することは可能です。
出力データ作成時に『5.データが欲しいステータスを選択して下さい』項目を [すべて]もしくは[休会のみ]に設定することで、休会中メンバーのデータが出力されます。